Bereits 1999 begann Cono Sur damit, einen Teil der Weinberge in Chimbarongo auf organischen Anbau umzustellen. Heute sind fast 300 Hektar konvertiert. Dabei ist der Cabernet Sauvignon/Carmenère der erste Cono Sur-Wein aus organischem Anbau.
Mittlerweile sind auch Chardonnay und Sauvignon Blanc offiziell zertifiziert, während sich der Pinot Noir noch in der Übergangszeit befindet. Es dauert drei Jahre nach Umstellung, bis das offizielle Zertifikat vergeben wird.